A halálesetek és a klinikai körülmények átgondolásával arra a megállapításra jutott, hogy a klórmészoldatos kézmosással megelőzhető a fertőzés, amibe sokan haltak bele. Ezt a túl egyszerűnek tűnő felfedezését kollégái nagy része nem ismerte el és nem is tartották be, Semmelweist őrültnek nyilvánították. Megszállott küzdelmet folytatott az egyszerű, kézenfekvő higiéniai eljárás, a kézmosás szükségessége mellett.
39 évesen megházasodott, öt gyermekük született, de ők is megtapasztalták a szörnyű veszteséget, mert egy kislányt és egy kisfiút csecsemőként elvesztettek. Végül tudományos kísérletekkel támasztotta alá a gyermekágyi lázban, azaz a kórházi boncolások során nem kellően fertőtlenített környezetben történt halálesetek és a kézmosás összefüggését. Természetesen a kortársak, de a család is bolondnak, hamis tanokat hirdetőnek tartotta. Az üldöztetése miatt depressziós lelkiállapotba került, ingerlékeny lett, gyakran voltak dühkitörései, de a később nyilvánosságra került jegyzőkönyvek szerint ez nem volt kóros.Az orvosi kari tanács - aminek tagja volt - a családdal egyeztetve az eltávolításán fáradozott. „Dr. Semmelweis Ignác három hete olyan mértékű elmezavarban szenved, amely szükségessé teszi, hogy egyrészt megszokott környezetéből és hivatalából eltávolítsák, másrészt a megfelelő felügyeletet és orvosi kezelést, amelyet legjobban egy elmegyógyintézet biztosít számára.” Felesége az közölte vele, hogy fürdőkúrára utaznak, de útközben ellátogatnak a bőrgyógyászati klinikára.
Embertelen körülmények között, egy elmegyógyintézetben barátja bécsi klinikáján halt meg, ahová akarata ellenére, a családja és kollégái tudomásával zárták be. Ápolói szó szerint meggyilkolták. Temetésén sem felesége, sem barátai, kollégái nem vettek részt. Az utódok több mint 100 évig titkolták a halál valódi történetét. Az orvosok elzárták, meghamisították a felelősségüket bizonyító okiratokat..Semmelweis visszhangtalanul maradt könyvének megjelenése után egy évtizeddel Louis Pasteur felfedezte a bakteriális kórokozókat, és ezzel igazolta a magyar orvos elméletének helyességét, a kézfertőtlenítés szükségességét. Hosszú évtizedek elteltével ismerték el az anyák és a csecsemők megmentéséért való küzdelmét.
Újbuda 60+ Program
